在种子发芽箱中进行种子的发芽试验，发芽条件的控制是非常重要的。而这些发芽条件包括水分和通气、温度、光照。

一般来说，大多数种子发芽需要光照条件。所以针对于不同的种子，种子发芽箱中设定的光照度也会不相同。而发芽应按规定的温度进行，种子发芽箱的温度在发芽期间应尽可能一致，需要注意的是有光照时，应注意不应超过规定温度的最高限度，仪器的温度变幅不应超过±1℃。在种子发芽期间，种子周围要有足够的空气，同时注意通气，尤其是在纸卷或砂床中应注意，纸卷须相当疏松；用砂床和土壤试验时，覆盖种子的砂或土壤不要紧压。

另外要掌握发芽床和种子特性，从而决定发芽床的加水量，如砂床加水量为其饱和含水量的60％；如纸床吸足水分后，沥去多余水即可；如用土壤作发芽床，加水至手捏土粘成团，用手指轻轻一压就碎为宜。发芽期间发芽床必须始终保持湿润。

在种子发芽箱中，只有注意控制好这些发芽条件，那么就可以大大提高种子的发芽率，同时为种子实验提供准确的试验数据。