1、每次测定的是叶片上的一个点，因此叶绿素检测仪要通过多点的随机测试才能降低测定的差异，这意味着要花费较多的时间和严格掌握测定技术，测量叶位上进行一定的控制，测量的时候选择比较上端的叶片来进行测量，因为离根部近的叶片，叶绿素含量易受土壤中的单元素的影响；
    2、仪器的测定结果受品种、耕作、环境、等因素影响很大，必须对测试指标进行相应的调整，这种问题的解决方法可以使用实验对照组来进行操作，通过一块未进行施加氮元素的种植物进行比较，就可以避免以上的问题了；
    3、叶绿素检测仪在测量小麦、玉米等禾本科作物上，SPAD读数在一定施氮量范围内随着施氮量的增加而增加，但当时氮量超出一定的范围后，SPAD读数则相对稳定，不再增加，这意味着它不能反映过量施氮问题，在推广应用上带来麻烦。这一问题出现的原因主要是因为过量的氮元素植物也无法进行吸收，而每一种植物均有自己一定的氮元素需求，这个问题就要通过对氮元素的需求以及spad值来进行相结合来进行计算了。

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