人工气候培养箱温控系统是培养箱的核心，用户在选购时最应关注的方面，关注培养箱的温度控制方式和温度控制是否均匀，这两点因素对于培养箱的实验结果有着关键的影响。保持培养箱内恒定的温度是维持细胞健康生长的重要因素，因此精确可靠的温控系统是培养箱不可或缺的重要部分。用户选用具备相互独立三重温度控制功能的培养箱，即箱内温度控制、超温报警控制和环境温度监控以便培养箱稳定的工作。 

另外一个用户需要考虑的方面就是人工气候培养箱箱体内的温度均一性，一般在箱体内配备了风扇以及风道的培养箱的均一度要好很多，同时此装置还有助于箱内温度和相对湿度的迅速恢复。

目前市场上的人工气候培养箱主要有两种温度控制方式：气套式加热和水套式加热，这两种加热系统都是精确和可靠的，同时它们都有着各自的优点和缺点。水套式加热是通过一个独立的水套层包围内部的箱体来维持温度恒定的，其优点：水是一种很好的绝热物质，当遇到断电的时候，水套式系统就可以比较长时间的保持培养箱内的温度准确性和稳定性，有利于实验环境不太稳定，并需要保持长时间稳定的培养条件的用户选用。气套式加热是通过遍布箱体气套层内的加热器直接对内箱体进行加热的，又叫六面直接加热。气套式与水套式相比，具有加热快，温度的恢复比水套式培养箱迅速的特点，特别有利于短期培养以及需要箱门频繁开关的培养。此外，对于使用者来说气套式设计比水套式更简单化。